Sejalan dengan Undang-undang No. 20 tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional pasal 51 ayat 2, dimana pengelolaan satuan pendidikan tinggi dilaksanakan berdasarkan prinsip otonomi, akuntabilitas, jaminan mutu, dan evaluasi yang transparan, maka pada tanggal 19 Agustus 2008 dengan Keputusan Rektor No. 24A/IIK-BW/Kep/R/VIII/2008 di Institut Ilmu Kesehatan Bhakti Wiyata Kediri dibentuklah organisasi Penjaminan Mutu.

Hal ini dipertegas dengan Peraturan Pemerintah No. 19 tahun 2005 tentang Standar Nasional Pendidikan, dimana perguruan tinggi wajib melakukan penjaminan mutu pendidikan sebagai tanggung jawabnya kepada stakehopders, untuk mememuhi atau melampaui standar nasional pendidikan mencakup 8 (delapan) standar, yakni; standar isi, standar proses, standar kompetensi lulusan, standar pendidikan dan tenaga kependidikan, standar sarana dan prasarana, standar pengelolaan, standar pembiayaan, dan standar penilaian pendidikan yang dilaksanakan secara bertahap, sistematis, dan terencana dalam suatu program penjaminan mutu yang memiliki target dan kerangka waktu yang jelas, sehingga mutu pendidikan dapat ditingkatkan secara berkelanjutan.

Selanjutnya terbit Undang - Undang No.12 tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi,  penjaminan mutu pendidikan selain meliputi 8 standar nasional pendidikan ditambah dengan standar penelitian dan standar pengabdian masyarakat (UU No.12 tahun 2012 Ps 1 ayat 18).

Secara bertahap organisasi penyelenggaraan sistem penjaminan mutu internal di Institut Ilmu Kesehatan Bhakti Wiyata Kediri terus dikembangkan, pada tanggal 7 Maret 2011 berdasarkan SK rektor nomor 3A/IIK-BW/Kep/R/III/2011 terjadi perubahan nama Unit Penjaminan Mutu menjadi Lembaga Penjaminan Mutu.  Selanjutnya pada tanggal 19 September 2013 berdasarkan SK Rektor Nomor 8A/IIK-BW/Kep/R/2013 dilakukan penyempurnaan organisasi penjaminan mutu di IIK Bhakti Wiyata Kediri dengan dibentuknya Badan Penjaminan Mutu Internal di tingkat institut, Unit Penjaminan Mutu Internal di tingkat Fakultas dan Gugus Penjaminan Mutu Internal di tingkat program studi (Prodi). Berdasarkan SK Rektor Baru Nomor 8/IIK-BW/Kep/R/2014 tanggal 25 Nopember 2014 dilakukan perubahan nama Badan Penjaminan Mutu Internal di tingkat institut menjadi Lembaga Penjaminan Mutu Internal.

Sistem pengelolaan mutu yang diterapkan di IIK Bhakti Wiyata Kediri selain mengacu pada PP no. 19 tahun 2005 tentang Standar Nasional Pendidikan juga mengacu pada kebijakan institusi. Untuk memberikan pedoman pengelolaan maka IIK Bhakti Wiyata Kediri telah mengeluarkan buku pedoman akademik. Untuk mengetahui efektifitas dan efisiensi pengelolaan sistem akademik dan sumber dana yang ada maka secara periodik dilakukan proses monitoring dan evaluasi secara internal dan eksternal. Evaluasi internal dapat dilakukan setiap tahun berdasarkan laporan kinerja pengelola fakultas.

Dokumen Mutu yang sudah dihasilkan oleh Lembaga Penjaminan Mutu Internal adalah :  

• Kebijakan Akademik
• Standar Akademik
• Peraturan Akademik
• Manual Mutu Akademik
• Manual Prosedur Penulisan Laporan Penelitian
• Manual Mutu penelitian dan publikasi
• Manual Mutu Pengabdian Kepada Masyarakat

Dampak yang muncul dari proses penjaminan mutu yang baikadalahterselenggaranya proses belajar mengajar dan pengelolaan fakultas secara baik, efektif dan efisien. 

Prodi setiap semester juga harus melaporkan proses penyelenggaraan pendidikan, penelitian dan pengabdian masyarakatnya kepada fakultas, kemudian fakultas akan menindaklanjuti laporan tersebut dan seluruh pelaksanaan kegiatan harus dibuatkan laporan pelaksanaan dan selanjutkan disetorkan ke Rektor.

Sistem penjaminan mutu internal di prodi dilaksanakan oleh Gugus Penjaminan Mutu Internal yang hasilnya diserahkan ke Unit Penjaminan Mutu Internal tingkat fakultas. Hasil evaluasi sistem penjaminan mutu internal fakultas selanjutnya dilaporkan kepada Lembaga Penjaminan Mutu Internal tingkat institusi yang selanjutnya akan dievaluasi dan dianalisis untuk dilaporkan kepada Rektor dan Yayasan Penyelenggara Pendidikan.